УДК 633.11:631.524.86:577.21
DOI 10.36461/NP.2026.77.1.013

ИДЕНТИФИКАЦИЯ ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ, АССОЦИИРОВАННЫХ С УСТОЙЧИВОСТЬЮ К ЖЕЛТОЙ РЖАВЧИНЕ, И РАЗРАБОТКА СПЕЦИФИЧЕСКИХ ПРАЙМЕРОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ IN SILICO АНАЛИЗА
Ж.К. Норбеков¹ (PhD), зав.лаб.; Н.Н. Хусенов¹ (PhD), зав.лаб.;
У.А. Бойкобилов¹, мл. науч. сотр.; А.Х. Кушбаков^1,2, магистрант;
Р.И. Мухаммадалиев¹, базовый докторант; Д.Ш. Султонов³, магистрант;
Н.Р. Рахматова, зав.лаб.
¹Центр геномики и биоинформатики Академии Наук Республики Узбекистан, г. Ташкент, Узбекистан, е-mail: Адрес электронной почты защищен от спам-ботов. Для просмотра адреса в браузере должен быть включен Javascript.
²Ташкентский государственный аграрный университет
³Бухарский Государственный Университет

Желтая ржавчина (Puccinia striiformis f. sp. tritici) является одним из наиболее разрушительных грибковых заболеваний пшеницы, вызывающим значительные потери урожая во всем мире, включая Узбекистан. В настоящее время разработка устойчивых сортов рассматривается как одна из ключевых стратегий обеспечения устойчивого производства пшеницы. В данном исследовании был использован набор данных RNA-seq, отражающий взаимодействие пшеницы с возбудителем желтой ржавчины, полученный из базы данных NCBI. Полученные данные были подвергнуты комплексному in silico и биоинформатическому анализу. Оценка качества прочтений RNA-seq проводилась с использованием программы FastQC, после чего выполнялись фильтрация и обрезка с помощью инструмента Fastp. Высококачественные данные выравнивались на геном пшеницы (IWGSC RefSeq v1.0) с применением HISAT2, а сборка транскриптома осуществлялась с помощью StringTie. Анализ дифференциальной экспрессии выявил значительное количество генов, реагирующих на заражение желтой ржавчиной, в трех биопроектах. В первом биопроекте было обнаружено 229 дифференциально экспрессируемых генов, во втором – 202 гена, а в третьем – 1005 генов. Результаты данного исследования служат основой для разработки новых ДНК-маркеров, используемых в селекционных программах по созданию сортов пшеницы, устойчивых к желтой ржавчине, с применением молекулярно-биоинформатического подхода.
Данное исследование было проведено в рамках проекта АЛ-8523122265 «Создание нового сорта пшеницы с высокими показателями урожайности и качества, а также устойчивостью к желтой ржавчине (Puccinia striiformis f.s. tritici) ».
Благодарность: Авторы выражают благодарность за финансирование, предоставленное Агентством по инновационному развитию при Министерстве высшего образования, науки и инноваций Республики Узбекистан, которое поддержало завершение данного исследования в рамках проекта № АL-8523122265.
Ключевые слова: пшеница, возбудитель жёлтой ржавчины, RNA-seq, праймер, in silico, транскриптом.

Информация о публикации Посмотреть статью